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自然保护区建设工程2010年的目标是：使全国自然保护区总数达到1800个，其中国家级自然保护区数量达到220个，自然保护区面积为1.55亿公顷，占国土面积的16%左右，初步形成较为完善的中国自然保护区网络，使90%国家重点保护野生动植物和90%的典型生态系统类型得到有效保护，极大的改善濒危物种的生存状况。
自然保护区建设工程将选择200个典型生态系统类型自然保护区（其中森林生态系统112个，荒漠生态系统19个，湿地生态系统69个）进行重点建设。
典型森林生态系统自然保护区
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热带森林生态系统，加强12处58万公顷已建国家级自然保护区的建设，扩建和新建8处国家级自然保护区，面积为30万公顷。
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温带森林生态系统，重点建设现有27处国家级自然保护区，新建16处自然保护区，增加面积120万公顷。
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亚热带森林系统，加强现有33处国家级保护区的建设，新建34处国家级自然保护区，增加面积280万公顷。
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典型荒漠生态系统自然保护区
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荒漠是发育在降水稀少，蒸发强烈，极端干旱环境下的稀疏生态系统类型，占国土面积的1/5。
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新建28处2000万公顷的自然保护区，强化特有荒漠生态系统功能和生物多样性的保护。
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